De eekhoorn staat bekend om de parasieten die het bij zich draagt. Deze parasieten gebruiken het nest vaak ook om in te wonen. Als het nest te vol raakt met deze parasieten verlaat de eekhoorn zijn nest en zoekt of bouwt een nieuw nest. In gevangenschap is het daarom zaak regelmatig de nestruimte van de eekhoorn te verschonen en eventueel licht te behandelen met een vlooien/luizen verdelger. Dit kan bijvoorbeeld door een zogenaamde omgevingsspray te gebruiken op het nestmateriaal. Ook worden er wel tabakstengels gebruikt als bodembedekker van het nestblok. Wees in het voortplantingsseizoen voorzichtig met chemicalin het het schoonmaken van blokken.

Meestal wonen eekhoorns alleen in een nest. Sommige soorten zoals de prairie honden en sommige marmotten leven in grote groepen. In koude winters zoeken eekhoorns nog wel eens de warmte van elkaar op en slapen ze gezamenlijk in een nest. In het vroege voorjaar gaan ze dan weer terug naar hun eigen gebied.